A cooperación directa é aquela a través da cal o Fondo Galego entra en relación directa cos parceiros do sur, que adoitan ser gobernos municipais ou ONGD de base local. No primeiro caso, falaríamos dunha cooperación entre homólogos. Esta é a súa característica principal, que a diferenza doutros actores. Ademais, a cooperación directa reforza as relacións cos gobernos municipais do sur ao non haber intermediarios, de xeito que hai un recoñecemento mutuo e unha aprendizaxe constante dun e doutro lado. O Fondo Galego leva impulsando proxectos de cooperación directa dende o ano 2001.

As relacións estratéxicas coa Asociación nacional de Municipios Caboverdiana (ANMCV) e as súas distintas Cámaras municipais, co Instituto de Promoción Humana-Somoto en Nicaragua, ou coa cidade de Santiago de Cuba, teñen brotado da nosa cooperación directa e coordinada como institucións locais galegas.